Juridiska fakulteten är placerad inom det humanvetenskapliga området vid Stockholms universitet och leds av en fakultetsnämnd. Dess främsta företrädare är dekanus. Under fakultetsnämnden finns två utskott för forskning och utbildning vari respektive prodekan är ordförande. Fakultetens ledningsorgan har ett övergripande ansvar för utbildning och forskning och fattar beslut i strategiska frågor.

Inom den juridiska fakulteten finns en institution – den juridiska institutionen. Fakultetsnämnden bestämmer vidare institutionens budgetram och ger institutionen i uppdrag att fullgöra ett bestämt antal helårsprestationer varje år. Med detta avses ett mått på vad studenterna presterar i form av avlagda poäng under ett kalenderår. Fakultetsnämnden har även ett uppföljningsansvar för institutionens verksamhet.

Det är inom den juridiska institutionen som den operativa verksamheten – forskning och utbildning – bedrivs. Institutionen leds av en prefekt och en ställföreträdande prefekt. Prefektens uppgift är att leda och fördela arbetet inom institutionen. Prefekten har resultatansvar för budget. Prefektens chef är dekanus. Prefekten har även ansvar för institutionens personal och organisation. Inom institutionen finns en institutionsstyrelse. Institutionsstyrelsen utfärdar vissa riktlinjer vad gäller till exempel undervisning, examination och fastställande av budget.

Vid institutionen finns dessutom elva institut och centra samt åtta stiftelser.